Jesienią 1863 powstanie wydaje się chylić ku upadkowi. Czerwoni oddają całą władzę Romualdowi Trauguttowi, który staje się dyktatorem powstania. Zamieszkuje przy ulicy Smolnej 3 w Warszawie, skąd przez pół roku kieruje powstaniem. Istnieją sprzeczne opinie na temat tego, dlaczego zdecydował się przyjąć tę funkcję. Traugutt był byłym podpułkownikiem armii rosyjskiej, między innymi brał udział w wojnie krymskiej. Za swoje zasługi dla armii carskiej był wielokrotnie odznaczany. Podejmując decyzję o przystąpieniu do powstania musiał znać siłę armii. J. Giertych twierdzi, że Traugutt nie wierzył w zwycięstwo powstania, jego postawa była czysto honorowa. Niektórzy twierdzą, że Traugutt wierzył w pomoc Francji albo liczył na wybuch powstania ludowego. Inni twierdzą, że przejął władzę nad powstaniem, gdyż nienawidził czerwonych i uważał ich za największych wrogów. Przyjmując funkcję dyktatora, odsunął ich od wpływu na powstanie. Przede wszystkim jednak, przyczynił się do zaprzestania stosowania terroru przez tzw. sztyletników, którzy na polecenie czerwonych wykonywali wyroki na tych Polakach, których uznawano za wrogów powstania. Terror powstańczy rozpoczął się już wcześniej, bo już w 1861 r. sztyletnicy próbowali zabić Wielopolskiego. Jeśli chodzi o terror w terenie, to prawie wszyscy milczeli na ten temat. Jedynie Walery Przyborowski, w swoim monumentalnym dziele poświęconym powstaniu pisał o istnieniu Żandarmerii Narodowej, która zajmowała się ściąganiem podatków oraz karaniem tych, którzy nie popierali powstania. Żandarmeria Narodowa stosowała represje w stosunku do tych, którzy nie chcieli się przyłączyć. Według ustaleń historyków, Żandarmeria Narodowa wieszała bez wyroków przeciwników powstania, duża część wyroków była nieuzasadniona. Oblicza się, że powieszono od 1600 do 2000 osób, dwie trzecie stanowili chłopi, ale represje objęły też szlachtę, żydów, kolonistów niemieckich. Traugutt ostatecznie został zdekonspirowany, w nocy z 9/10 kwietnia żandarmeria wkroczyła do mieszkania przy ul. Smolnej, ale aresztowano tylko Mariana Dubieckiego, który mieszkał w sąsiednim pokoju. Traugutt znajdował się w pokoju obok. Czy było to przeoczenie, czy świadomy zabieg, tego nie wiadomo. Traugutt miał możliwość ucieczki, ale nie skorzystał z niej. Żandarmeria przyszła ponownie dobę później. Został stracony na stokach Cytadeli. Romuald Traugutt jest jedyną postacią w najnowszej historii Polski, która jest powszechnie akceptowana we wszystkich obozach politycznych. Za bohatera uznali go zarówno piłsudczycy, endecy, a także lewica, również komunistyczna. Jedynym historykiem, który skrytykował Traugutta, był Walery Przyborowski, który nie bał się poruszać tematów niewygodnych. Napisał, że był to człowiek godny szacunku, jego otoczenie też, ale byli to ludzie oderwani od rzeczywistości.

Polecana literatura: Emanuel Halicz (red.), Proces Romualda Traugutta i członków Rządu Narodowego, tom I-IV, 1960-61. Wiesław Caban (red.), Wiktoria Śliwkowska, Powstanie Styczniowe 1863-1864. Walka i uczestnicy. Represje i wygnanie. Historiografia i tradycja, Kielce: Akademia Świętokrzyska, 2005. Najważniejsze dzieła W. Przyborowskiego o powstaniu styczniowym: Ostatnie chwile Powstania Styczniowego, t. 1–4, Poznań 1887–1888; Historia dwóch lat 1861-1862, t. 1–5, Kraków 1892-1896; Dzieje 1863 roku, t. 1–5, Kraków 1897-1919; Wspomnienia ułana 1863 roku, t. 1–2, Poznań 1874 i 1878. Stefan Kieniewicz, Powstanie styczniowe, Warszawa 2009. Jędrzej Giertych, Kulisy powstania styczniowego, 1965.